La salute del suolo è una linea strategica trasversale del centro. Attraverso metagenomica, metaproteomica e biochimica ambientale, SHerIL caratterizza la struttura e la funzionalità delle comunità microbiche rizosferiche, identificando indicatori molecolari di qualità biologica. Queste analisi supportano modelli di gestione sostenibile di sistemi agricoli e forestali e il recupero di suoli degradati.